Silakan Anda baca rangkuman di bawah ini. Jika terasa ‘berat’, itu karena rangkuman ini berasal dari webinar sesi-11. Artinya, sudah ada 10 sesi “perkuliahan” sebelumnya. Inilah yang disebut “belajar soal virus.” Belajar artinya secara serius menyimak perkuliahan soal virus ini selama berjam-jam. Kalau gurunya tepat, ilmu rumit yang dipelajari bertahun-tahun di kampus, bisa dipahami (dasar-dasarnya) oleh semua orang dengan berbagai latar belakang.

Setelah Anda belajar, Anda bisa paham, judul berita semacam “Waspada! Varian Omicron Lebih Dahsyat 500%!” sangat menyesatkan. Dan Anda juga bisa menganalisis, apa sebenarnya makna di balik judul berita ini “Ada Omicron, Pfizer: Kemungkinan Perlu Dosis Keempat Vaksin.” Kita semua perlu belajar virologi/imunologi dasar, karena, pengetahuan dasar soal ini sangat berpengaruh keselamatan keluarga dan nasib kita.

VIRUS SARS COV2 VARIAN OMICRON

Virus SARS Cov2/ Covid-19 tersusun atas Protein N (Nukleoprotein), M (Membran), E (Envelope/ Amplop) & S (Spike/ duri).
Protein S-RBD (Receptor Binding Domain) merupakan bagian dari protein virus yang berperan untuk menempel dengan sel target/ inang, prosentase nya kurleb 2% dari seluruh struktur virus.
RBM (Receptor Binding Motif) merupakan bagian dari area RBD yang bermutasi. Perbandingan nya 1/10 dari RBD atau 1/1000 dari seluruh struktur virus.
Bagaimana varian Omicron dideteksi?
Untuk mendeteksi varian harus dilakukan penguraian secara menyeluruh (WGS:Whole Genome Sequence) atau bisa juga penguraian sebagian (protein S nya saja) (Partial Genome Sequence).
Pada proses WGS protein virus diextract menjadi extrasi RNA menghasilkan urutan Nukleotida. Nukleotida merupakan struktur terkecil dari virus ( 3 pasang Nukleotida membentuk Asam Amino kemudian beberapa Asam Amino (20) membentuk Protein.
Di RBD sendiri ada sekitar 16 Asam Amino
Panjang urutan Nukleotida pada Virus SARS Cov2 mencapai 30.000 urutan.
Area RBD mempunyai 1300 urutan
Area RBM berada pada urutan 437 s/d 508 dengan panjang nukleotida 71
Pada varian Omicron terjadi perubahan di 3 titik:

1. Di titik N501Y (Asparagine menjadi Tyrosine di titik 501)
2. Di titik E484K (Glutamic Acid menjadi Lysine di titik 484)
3. Di titik K417N (Lysine menjadi Asparagine di titik 417)
   Selain Varian Omicron, varian Beta & Gama juga terjadi 3 mutasi RBM (N501Y, E484K & K417N)
   Kombinasi 3 perubahan menyebabkan “Primer” kit PCR tidak bisa mendeteksi Protein S (karena Primer nya menggunakan cetakan varian awal/ origin).
   Jadi tidak akan ada SGTF (Spike Gene Target Failure/ Kegagalan deteksi target protein S) jika Primer nya menggunakan Primer RT-PCR khusus untuk deteksi bagian protein S-RBM

KESIMPULAN:

1. Varian Omicron bisa dideteksi dengan menggunakan Primer N501Y & E484K
2. Varian Omicron hanya perubahan di ujung kecil duri virus 1/1000 dan tetap virus Covid-19 & TIDAK lebih ganas dengan prosentase kesembuhan 97%
3. Fenomena SGTF hanya kegagalan Primer mendeteksi mutasi Protein S-RBM (rangkuman ditulis oleh Nanang Heryana)

PDF dari materi mengenai Omicron ini (materi Webinar tentang covid yang diadakan MIPI sesi-11) dapat diunduh di sini:

Berikut ini link Youtube rekaman Webinar MIPI tentang Covid bersama drh. Moh. Indro Cahyono sesi 11.